Reconciliation analyses have been carried out using the software RANGER_DTL 2.0 (D = 1, T = 10, L = 1) and the below indicated species/protein pair trees. The reconcilation output files have been saved in the current directory.

1. representatives ------------------------------------

Species Tree: 
((Cyc,((Ap,Tba)n4,Eph)n3)n2,(Zm,Atr)n5)n1;

Gene Tree: 
(((((Eph_GS1bx,Eph_GS1by)m5,((Ap_GS1b,Cyc_GS1b)m9,Tba_GS1b)m8)m4,((((Zm_GS1b_3,Zm_GS1b_4)m16,Atr_GS1b_2)m15,Atr_GS1b_1)m14,((Zm_GS1b_1,Zm_GS1b_5)m22,Zm_GS1b_2)m21)m13)m3,((((Tba_GS1a,Ap_GS1a)m29,Eph_GS1a)m28,Cyc_GS1a)m27,Atr_GS1a)m26)m2,((Atr_GS2,Zm_GS2)m36,Cyc_GS2)m35)m1;

2. conifers -------------------------------------------

Species Tree: 
((((Pa,Psm)n4,(Pp,Pin)n5)n3,(Abi,Ap)n6)n2,((Ara,(Pod,Nag)n9)n8,(Sci,(Tba,Tax)n11)n10)n7)n1;

Gene Tree: 
((((((Pa_GS1b_1,Psm_GS1b_1)m6,(Pp_GS1b_1,Pin_GS1b_1)m9)m5,(Ap_GS1b,Abi_GS1b_1)m12)m4,((Pp_GS1b_2,Pin_GS1b_2)m16,(Pa_GS1b_2,Psm_GS1b_2)m19)m15)m3,((((Sci_GS1b_x,Sci_GS1b_y)m25,Ara_GS1b)m24,(Tba_GS1b,Tax_GS1b)m29)m23,(Pod_GS1b,Nag_GS1b)m32)m22)m2,((((Tba_GS1a,Tax_GS1a)m38,Sci_GS1a)m37,((Pod_GS1a,Nag_GS1a)m43,Ara_GS1a)m42)m36,(((Pa_GS1a,Psm_GS1a)m49,(Ap_GS1a,Abi_GS1a)m52)m48,(Pp_GS1a,Pin_GS1a)m55)m47)m35)m1;

3. gymnosperms ----------------------------------------

Species Tree: 
((Gin,(Zam,(Cyc,Cha)n4)n3)n2,(((Eph,(Wel,Gne)n8)n7,((Abi,Ap)n10,((Pa,(Psm,(Pe,Pg)n14)n13)n12,((Pl,Pin)n16,(Pta,(Pp,Psy)n18)n17)n15)n11)n9)n6,((Ara,(Nag,Pod)n21)n20,(Sci,((Cun,(Met,(Pla,Fok)n26)n25)n24,(Cep,((Tor,Ame)n29,(Tax,Tba)n30)n28)n27)n23)n22)n19)n5)n1;

Gene Tree: 
((((((((((Ame_GS1b,Tor_GS1b)m10,Cep_GS1b)m9,(Tba_GS1b,Tax_GS1b)m14)m8,(((((((Pp_GS1b_1,Psy_GS1b_1)m23,Pta_GS1b_1)m22,(Pl_GS1b_1,Pin_GS1b_1)m27)m21,(((Pa_GS1b_1,Pg_GS1b_1)m32,Pe_GS1b_1)m31,Psm_GS1b_1)m30)m20,(Ap_GS1b,Abi_GS1b_1)m37)m19,(((((Pta_GS1b_2,Psy_GS1b_2)m44,Pp_GS1b_2)m43,Pl_GS1b_2)m42,Pin_GS1b_2)m41,(((Pg_GS1b_2,Pe_GS1b_2)m52,Pa_GS1b_2)m51,Psm_GS1b_2)m50)m40)m18,((Pla_GS1b,Fok_GS1b)m58,(Cun_GS1b,Met_GS1b)m61)m57)m17)m7,(((Sci_GS1b_x,Sci_GS1b_y)m66,Ara_GS1b)m65,(Pod_GS1b,Nag_GS1b)m70)m64)m6,(((Cha_GS1b,Cyc_GS1b)m75,Zam_GS1b)m74,Gin_GS1b_1)m73)m5,(Gin_GS1b_2,Gin_GS1b_3)m80)m4,((Eph_GS1bx,Eph_GS1by)m84,(Gne_GS1b,Wel_GS1b)m87)m83)m3,(((Gne_GS1a,Wel_GS1a)m92,Eph_GS1a)m91,((((((Pod_GS1a,Nag_GS1a)m101,Ara_GS1a)m100,(((((Met_GS1a,Fok_GS1a)m109,Pla_GS1a)m108,Sci_GS1a)m107,(((Ame_GS1a,Tor_GS1a)m116,Cun_GS1a)m115,Cep_GS1a)m114)m106,(Tba_GS1a,Tax_GS1a)m121)m105)m99,Gin_GS1a)m98,(((((Pg_GS1a,Pe_GS1a)m129,Pa_GS1a)m128,Psm_GS1a)m127,(Ap_GS1a,Abi_GS1a)m134)m126,(((Pp_GS1a,Psy_GS1a)m139,Pta_GS1a)m138,(Pl_GS1a,Pin_GS1a)m143)m137)m125)m97,((Cha_GS1a,Cyc_GS1a)m147,Zam_GS1a)m146)m96)m90)m2,((Cha_GS2,Cyc_GS2)m152,Gin_GS2)m151)m1;


4. selected (Spermatophyte selection) -------------

Species Tree: 
(((Gin,(Zam,(Cyc,Cha)n5)n4)n3,(((Eph,(Wel,Gne)n9)n8,((Abi,Ap)n11,((Pa,(Psm,(Pe,Pg)n15)n14)n13,((Pl,Pin)n17,(Pta,(Pp,Psy)n19)n18)n16)n12)n10)n7,((Ara,(Nag,Pod)n22)n21,(Sci,((Cun,(Met,(Pla,Fok)n27)n26)n25,(Cep,((Tor,Ame)n30,(Tax,Tba)n31)n29)n28)n24)n23)n20)n6)n2,(Atr,((Mac,(Zm,(Osa,Bdi)n36)n35)n34,((Mg,(Lc,Ltu)n39)n38,(Aco,(Vvi,(Sly,(Gma,(Ptr,Ath)n44)n43)n42)n41)n40)n37)n33)n32)n1;

Gene Tree: 
(((((((((((((Sly_GS1b_1,Sly_GS1b_4)m13,(Ath_GS1b_1,Ath_GS1b_2)m16)m12,Ath_GS1b_4)m11,((((((Ltu_GS1b_1,Mg_GS1b_1)m25,Vvi_GS1b_2)m24,Vvi_GS1b_1)m23,(Ptr_GS1b_3,Ptr_GS1b_4)m30)m22,(((Ltu_GS1b_2,Lc_GS1b_1)m35,Mg_GS1b_3)m34,Aco_GS1b_1)m33)m21,Aco_GS1b_2)m20)m10,(((((Ptr_GS1b_1,Ptr_GS1b_2)m45,Vvi_GS1b_3)m44,((((Ltu_GS1b_4,Lc_GS1b_2)m52,Ltu_GS1b_3)m51,Mac_GS1b_6)m50,(((Ltu_GS1b_5,Lc_GS1b_3)m59,Mg_GS1b_2)m58,Atr_GS1b_1)m57)m49)m43,((Ath_GS1b_3,Ath_GS1b_5)m65,Sly_GS1b_3)m64)m42,(((Mac_GS1b_1,Mac_GS1b_2)m71,Mac_GS1b_3)m70,((((Osa_GS1b_2,Bdi_GS1b_3)m78,(Zm_GS1b_1,Zm_GS1b_5)m81)m77,(Mac_GS1b_4,Mac_GS1b_5)m84)m76,((Osa_GS1b_3,Bdi_GS1b_2)m88,Zm_GS1b_2)m87)m75)m69)m41)m9,(((((Zm_GS1b_3,Zm_GS1b_4)m96,Osa_GS1b_1)m95,Bdi_GS1b_1)m94,Sly_GS1b_2)m93,Atr_GS1b_2)m92)m8,((Gma_GS1b_3,Gma_GS1b_4)m104,((Gma_GS1b_1x,Gma_GS1b_1y)m108,Gma_GS1b_2)m107)m103)m7,(Gma_GS1b_5,Gma_GS1b_6)m112)m6,Ptr_GS1b_5)m5,(((((((Ame_GS1b,Tor_GS1b)m122,Cep_GS1b)m121,(Tax_GS1b,Tba_GS1b)m126)m120,((Cun_GS1b,Met_GS1b)m130,(Pla_GS1b,Fok_GS1b)m133)m129)m119,(((Pod_GS1b,Nag_GS1b)m138,(Sci_GS1b_x,Sci_GS1b_y)m141)m137,Ara_GS1b)m136)m118,((((Cyc_GS1b,Cha_GS1b)m148,Zam_GS1b)m147,Gin_GS1b_1)m146,(Gin_GS1b_2,Gin_GS1b_3)m153)m145)m117,((((((Pp_GS1b_1,Psy_GS1b_1)m161,Pta_GS1b_1)m160,(Pin_GS1b_1,Pl_GS1b_1)m165)m159,(((Pa_GS1b_1,Pg_GS1b_1)m170,Pe_GS1b_1)m169,Psm_GS1b_1)m168)m158,(((((Pta_GS1b_2,Psy_GS1b_2)m179,Pp_GS1b_2)m178,Pl_GS1b_2)m177,(((Pg_GS1b_2,Pe_GS1b_2)m186,Pa_GS1b_2)m185,Psm_GS1b_2)m184)m176,Pin_GS1b_2)m175)m157,(Abi_GS1b_1,Ap_GS1b)m192)m156)m116)m4,(((Gne_GS1b,Wel_GS1b)m197,Eph_GS1bx)m196,Eph_GS1by)m195)m3,((((Ltu_GS1a,Lc_GS1a)m205,Mg_GS1a)m204,Atr_GS1a)m203,((((((((((((Met_GS1a,Fok_GS1a)m221,Cun_GS1a)m220,Pla_GS1a)m219,(Ame_GS1a,Tor_GS1a)m226)m218,((Tax_GS1a,Tba_GS1a)m230,Cep_GS1a)m229)m217,Sci_GS1a)m216,((Pod_GS1a,Nag_GS1a)m236,Ara_GS1a)m235)m215,Gin_GS1a)m214,((Cyc_GS1a,Cha_GS1a)m242,Zam_GS1a)m241)m213,Eph_GS1a)m212,(Gne_GS1a,Wel_GS1a)m247)m211,((((Psm_GS1a,Pa_GS1a)m253,(Pg_GS1a,Pe_GS1a)m256)m252,(Abi_GS1a,Ap_GS1a)m259)m251,((Pin_GS1a,Pl_GS1a)m263,((Pp_GS1a,Psy_GS1a)m267,Pta_GS1a)m266)m262)m250)m210)m202)m2,(((((((((Vvi_GS2_1,Vvi_GS2_2)m279,Gma_GS2)m278,(((Ltu_GS2,Lc_GS2)m285,Mg_GS2)m284,(Ptr_GS2_1,Ptr_GS2_2)m289)m283)m277,((Mac_GS2_1,Mac_GS2_2)m293,Aco_GS2)m292)m276,((Osa_GS2,Bdi_GS2_1)m298,Zm_GS2)m297)m275,Sly_GS2)m274,Ath_GS2)m273,Atr_GS2)m272,((Cyc_GS2,Cha_GS2)m306,Gin_GS2)m305)m271)m1;
